1.因地制宜：对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。2.因温制宜：施用菌肥的较好温度是25℃~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜土壤的含水量是60%~70%。3.因混制宜：注意不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。4.因量制宜：对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因此，其取代量应做到前三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。5.因时制宜：生物菌肥不是快速肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7~10天施用，效果较佳。

微生物菌肥可以与化肥混合使用吗？答案是否定的。微生物菌肥与其他肥料不同，微生物肥料对光敏感，如果长时间在太阳光底下直射，就会杀死其中的有益菌，如果与部分农药混合使用，也有可能降低减肥的效果。菌肥如果发挥很好的效果，在有机质丰富的土壤里菌肥更能发挥其肥效。一般有机肥大多作为基施，有机肥富含有机质，是改良土壤和增加土壤肥力的物质之一。因为它的肥效长，肥效慢，要想有机肥达到预期的效果，在使用前需经过充分的腐熟，如果在后期追施，效果不如复合肥明显。微生物菌肥尽量与有机肥同时使用，有机肥是微生物菌肥较好的搭配伙伴，和有机肥一起施入土壤后，经过大量的繁殖，可以起到以有益菌抑制有害菌的效果。

如何辨别生物有机肥的真假，通过检查物料是否均匀来判断：1、产品含水量太高或太低均不利于菌种存活,判断方法:抓一把肥料在阳光下观察,阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品。2、适合特殊功能菌种生长的“有机肥营养”应是套餐型,由多种有机营养物质组成(如:菜粕、黄豆粉等发酵制成),在光线下能看到原料的痕迹,或者能闻到原料的特殊气味。除此之外,一些用户的经验也可借鉴。1、一看:好的生物有机肥一般以上选鸡粪为原料,养分较高,比较松散,颜色呈黑褐色。劣质有机肥一般呈黑色,并且不够松散。2、二泡:正宗的颗粒有机肥会在短时间内溶解在水中,颜色灰黑,但没有杂质；假的会有大量不溶解于水的杂质。3、三燎:将少量有机肥放在铁板上,置于火源,在短时间内,真品会起烟、焦化,很少有残留物；假的会留下大量残留物。

由于土壤所含中、微量营养元素养分的变幅较大，供应有机无机复混肥厂家而不同蔬菜对其需要量差异也较大，所以需通过土壤有效养分测试来评价中、微量元素的丰缺状况，并有针对性地进行因缺补缺的矫正施肥叫做中、微量元素养分矫正施肥技术。中微量元素养分的含量变幅大，作物对其需要量也各不相同。这主要与土壤特性（尤其是母质）、作物种类和产量水平等有关。东北供应有机无机复混肥通过土壤测试评价土壤中微量元素养分的丰缺状况，进行有针对性的因缺补缺的矫正施肥。中微量元素测试，各地根据具体条件选取下面一种分析方法：（1）通用浸提剂方法：M3－Ca、Mg、Zn、Mn、Cu、Fe、B、Mo；（2）ASI－Ca、Mg、Zn、Mn、Cu、Fe、B、Mo；（3）常规方法：交换性Ca、Mg；DTPA－Zn、Mn、Cu、Fe，土壤有效硼和钼。

硒在自然界的存在方式分为两种：无机硒和植物活性硒。无机硒一般指亚硒酸钠和硒酸钠，从金属矿藏的副产品中获得；后者是硒通过生物转化与氨基酸结合而成，一般以硒蛋氨酸的形式存在。农作物富硒栽培的含硒微量元素叶面肥及其制备方法，该叶面肥由以下重量份的原料制备而成：硼砂5～7份、腐植酸铵2～3份、螯合铁5～7份、亚硒酸钠4～6份、黄腐酸钾8～12份、硒酵母提取物5～7份、双酶酵母4～8份、大蒜素1～2份、硒蛋氨酸3～4份、pH为3～4的谷氨酸发酸母液3～7份。本发明富含丰富的硒元素，配合其他原料药的使用，能促进农作物叶面对含硒等营养元素的吸收，从而提高农作物中硒等元素的含量，进而提高农作物产品中硒及铁等元素含量，同时能促进作物的营养生长、生殖生长，提高结实率，增强作物的耐逆性，肥分利用率高，提高产品的品质。