微生物肥料本身一般并不含有作物生长所需要的营养元素，而是通过微生物的生命活动，改善作物营养条件，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收，分泌各种激素刺激作物根系发育，抑制有害微生物的活动等，以达到促进作物生长的目的。微生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料（如抗生菌类）、真菌类肥料（如菌根真菌类）、固氮蓝藻肥料等.根据其作用不同，微生物肥料可分为五大类：1.有固氮作用的菌肥，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻肥料等。2.分解土壤有机物的菌肥，包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。3.分解土壤中难溶性矿物的菌肥，包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。4.促进作物对 土壤养分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等。5.抗病及刺激作物生长的菌肥，包括抗生菌肥、增产菌肥等。

有机无机复混肥是一种既含有机质又含适量化肥的复混肥。它是对粪便、草炭等有机物料，通过微生物发酵进行无害化和有效化处理，并添加适量化肥、腐殖酸、氨基酸或有益微生物菌，经过造粒或直接掺混而制得的商品肥料。有机无机复混肥料与复混肥料一样，通化供应复合微生物肥料价格在施肥时应考虑土壤、作物和气候等因素。需要指出的是，虽然有机无机复混肥料含有相当数量的有机质，具有一定的改土培肥作用和养分控释作用，但其作用有限，与大量施用有机肥做基肥不同，由于施用有机无机复混肥料时单位面积农地实际投入的有机质相当少，供应复合微生物肥料价格因此对某些土壤要注意有机肥的投入和后期补施化肥等。有机无机复混肥料适用于各种土壤，各种果树。一般可做基肥，也可做追肥。一般做基肥每亩施用量60～80千克，做追肥应早施（沟施或穴施），一般施用量30～50千克，施肥深度6～16厘米。

1.因地制宜：对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。2.因温制宜：施用菌肥的较好温度是25℃~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜土壤的含水量是60%~70%。3.因混制宜：注意不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。4.因量制宜：对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因此，其取代量应做到前三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。5.因时制宜：生物菌肥不是快速肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7~10天施用，效果较佳。

有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源，减轻环境的污染。使用一些生物有机肥，不但可免去传统制作有机肥的繁琐过程，而且可为土壤提供大量的有益微生物活化土壤养分，减少连作障碍。但是复合肥尽量不要根外施肥，其原因是：一、我国的肥料利用率在深施的情况下只有35%左右，其中氮的利用率高一些，磷、钾的利用率更低，而复合肥不但含有氮、而且含有磷、钾，根外施肥无疑把磷钾白白地浪费了；二、在万不得己的情况下，需要补充肥料，根外施肥只能撒施尿素类的肥料，也不能撒施复合肥；三、施用复合肥需要深施，否则，将造成极大的浪费，增加了农业生产的成本，得不偿失；四、在撒施肥料的同时，需要马上浇水，这样可以提高肥料的利用率。尽量是沟施，不然氮素极容易挥发，浪费较大。如果人工实在不够，那么撒施后要轻翻一下土壤，再浇足水，利于作物吸收。

微生物菌肥可以与化肥混合使用吗？答案是否定的。微生物菌肥与其他肥料不同，微生物肥料对光敏感，如果长时间在太阳光底下直射，就会杀死其中的有益菌，如果与部分农药混合使用，也有可能降低减肥的效果。菌肥如果发挥很好的效果，在有机质丰富的土壤里菌肥更能发挥其肥效。一般有机肥大多作为基施，有机肥富含有机质，是改良土壤和增加土壤肥力的物质之一。因为它的肥效长，肥效慢，要想有机肥达到预期的效果，在使用前需经过充分的腐熟，如果在后期追施，效果不如复合肥明显。微生物菌肥尽量与有机肥同时使用，有机肥是微生物菌肥较好的搭配伙伴，和有机肥一起施入土壤后，经过大量的繁殖，可以起到以有益菌抑制有害菌的效果。

1、有机肥类：有机肥料主要有粪肥、绿肥、厩肥、堆肥等。这些肥料含有氮、磷、钾等多种无机盐类和蛋白质、脂肪和糖类等有机物质。肥效较好而持久，但施用后见效较慢，所以又称为“迟效肥料”。但有机肥料在水中会腐烂分解，消耗水中氧气，放出有毒气体(硫化二氢、氨、二氧化碳等)对鱼类生长会带来一定的影响，施用时，不宜将大量新鲜的有机肥料直接施入鱼池，而应事先将其封闭发酵腐熟后再施为宜。2、无机肥料又称化学肥料。这类肥料的特点是所含营养成分比较单一，大多数是一种化肥仅含一二种肥分。施入水中易被分解，很快见效，因此又称其为“速效肥料”。包括有氮肥、磷肥、钾肥和钙肥等。3、现在市场上在售的肥料大部分为氨基酸肥水液或肥水膏，或无机肥、有机肥以及益生菌按配比组成的生物菌肥。