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菌肥亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等，但大多数人习惯叫菌肥。确切地说，生物肥料是菌而不是肥，因为它本身并不含有植物成长发育需要的养分元素，而只是含有很多的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改进作物的养分条件。
土壤由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物成长发育的根底。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的构成和分解、养分的释放。氮素的固定等一系列土壤肥力构成和发育进程。选用人为方式向土壤中添加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的活性，然后提高土壤的肥力。特别是农作物根际土壤微生态系的微生物活性对植物根部养分则更为重要，因此，在植物根际施用微生物肥料，就可以添加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。
生物激素影响作物成长。多孢菌菌肥中的微生物，不管在其发酵进程（可理解为微生物的自身繁衍进程），还是在土壤内的生命活动进程中，均会发生很多的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在植物根系接触后，会调理作物的推陈出新影响作物的成长，然后使作物发生增产作用。以邪压正，减轻病害。菌肥中在植物根系很多成长、繁衍，然后构成优势菌群，这样就按捺和减少了病原的侵略和繁衍机会，起到了减轻作物病害的成效（可以形象理解为“以邪压正”了）。影响有机质释放养分。丰厚的有机质通过微生物活动后，可不断释放出植物成长所需要的养分元素，到达肥效耐久的目的。
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